Pada 12 November 1821, sesudah menawan Kota Kuala Kedah dan Alor Star, tentera Siam seramai 5000 orang telah menyerang Pulau Tiga dan membakar hangus istana tersebut. Manakala baginda sultan melarikan diri ke Pulau Pinang dan kemudian ke Melaka, sebelum kembali semula menduduki takhta dalam tahun 1842. Walaubagaimanapun, sisa kemusnahan istana ini masih menjadi saksi terhadap kewujudannya.

Sebahagian dari tembok yang telah mengalami kerosakan fizikal, pelapukan dan berbagai penyakit yang memerlukan konservasi.

Dalam tahun 1980, penyelidik Amerika Syarikat dengan kerjasama dari Muzium Arkeologi Lembah Bujang, Merbok, Kedah, pelajar dari Universiti Sains Malaysia, Pulau Pinang dan Universiti Malaya, Kuala Lumpur telah menemui dan melaporkan tapak ini. Eksplorasi ini adalah bertujuan menjalankan kajian berkaitan "trade, transportation and tributaries:exchange, agriculture and settlement distribution in early historic-period Kedah". Dalam tahun 1991, penyelidik dari Perancis atau Pusat Penyelidikan Timur Jauh Perancis bersama Muzium Arkeologi Lembah Bujang, Kedah dan Ikatan Ahli Arkeologi Malaysia yang membuat eksplorasi La civilisation de ports-entreports du sud Kedah telah juga melaporkan berkaitan tapak ini. Dalam tahun 1999, sekumpulan pensyarah dan pelajar Universiti Teknologi Malaysia, Skudai, Johor bersama Pasukan Arkeologi Sungai Mas, Kedah dalam usaha melaksanakan kajian analisis perancangan landskap bersejarah dan pelancongan Lembah Bujang telah melaporkan semula berkaitan tapak ini.

Berdasarkan laporan-laporan ini, Pasukan Arkeologi Sungai Mas, Kota Kuala Muda, Kedah dengan bantuan penyelidik-penyelidik sukarela terdiri daripada siswazah Universiti Kebangsaan Malaysia, Bangi, Selangor, Universiti Putra Malaysia, Serdang, Selangor, Universitas Gajah Mada, Yokyakarta, Indonesia, Universiti York, United Kingdom dan siswazah Universiti Malaya, Kuala Lumpur telah merencana dan melaksanakan beberapa siri kajiselidik permukaan dan mengumpulkan maklumat bertulis atau sejarah lisan. Di samping itu, kerja-kerja mengukur kawasan penyelidikan ini sedang dilaksanakan dan dijangka dapat disempurnakan pada bulan September, 2001.

	Ahli Arkeologi sedang membersihkan sebuah perigi di kawasan Istana Pulau Tiga, Kedah.

Penyelidikan awal ini telah mengesahkan terhadap penemuan tembok yang berbentuk segi lapan berukuran panjang 26 meter x lebar 0.6 meter x tinggi 1.8 meter. Tembok ini dibina dengan menggunakan bata merah bersaiz piawai 22sm x 12sm x 5sm dan menggunakan bahan perekat yang belum dipastikan kandungannya. Walaubagaimanapun, ditinjau dari sudut seni bina dan kejuruteraan, tembok ini mempunyai persamaan dengan binaan tembok Kota Kuala Muda, Kedah. Akan tetapi yang pasti berdasarkan laporan tahun 1980, tembok ini panjangnya 50 meter dan bahagian utaranya telah runtuh. Manakala laporan tahunan 2000 / 2001, panjang tembok ini hanya 26 meter. Dalam hal ini,tembok di sebelah barat laut dan tenggara telah tertimbus atau dimusnahkan dan memerlukan kajian lanjutan. Di samping itu, turut ditemui ialah dua buah perigi, sama ada di kawasan berhampiran tembok atau di atas sebuah pulau, pelapik tiang, pecahan seramik Eropah dan beberapa gejala arkeologi yang lain telah mengundang beberapa pertanyaan yang belum dapat dijawab. Persoalan juga timbul berkaitan fungsi tembok ini, sama ada tembok istana, kubu pertahanan atau palisades.

Lokasi pembinaan istana juga menjadi persoalan, sama ada dibina di tebing sungai atau di atas pulau. Walaubagaimanapun, berdasarkan kajiselidik yang telah dilaksanakan, bahawa ketiga-tiga buah pulau berkenaan tidak sesuai untuk penempatan. Semua persoalan ini akan terjawab dengan jawapan yang bermartabat apabila Bahagian Arkeologi, Jabatan Muzium dan Antikuiti, Kuala Lumpur berusaha menyediakan hasil penyelidikan kelayakan dan modus operandi Projek Ekskavasi, Konservasi dan Landskap Bersejarah Istana Pulau Tiga. Projek ini akan melibatkan beberapa agensi lain dan institusi pengajian tinggi dalam dan luar negeri yang memiliki kepakaran dalam usaha penyelidikan ini.