Haji Ishak lahir pada tahun 1771 di Kampung Padang Panjang, Kota Sena, Malau, Jitra. Beliau mendapat pendidikan agama peringkat awal dari keluarganya sendiri. Beliau belajar membaca al-Quran di Kampung Malau. Bagaimanapun, asas pendidikan yang diperolehinya itu tidak mencukupi untuk membolehkan beliau menjadi seorang ulama sebagaimana yang dicita-citakan oleh bapanya, Muhammad Hashim.

Atas kecenderungan sendiri di samping galakan keluarga, Haji Ishak pergi ke Mekah pada tahun 1786 untuk meluaskan pengetahuan agama. Selama 20 tahun di Mekah, Haji Ishak berguru dengan beberapa orang ulama tetapi salah seorang yang terdekat dan sering disebut-sebut bernama Sheikh Abdul Qadir. Haji Ishak berjaya menguasai ilmu Fiqah, Tauhid, Usuluddin dan Tasawuf di samping ilmu Tafsir, Hadis dan ilmu-ilmu bantu seperti Nahu, Saraf dan lain-lain.

Beliau pulang ke tanahair pada tahun 1806 ketika berusia 35 tahun dan mula mengajar agama di Kampung Malau atas permintaan penduduk tempatan. Langkah itu merupakan kegiatan awal dan adalah sejajar dengan hasrat beliau untuk menjadi seorang pendakwah kepada masyarakat. Haji Ishak merupakan seorang ulama yang mempunyai kaitan rapat dengan Tunku Anom. Ini kerana beliau hidup di zaman kritikal perhubungan antara Kedah dengan Siam.

Setelah mengembalikan Kesultanan Negeri Kedah, Tunku Anom telah diberi kawasan Kubang Pasu untuk dijadikan negeri kerana jasanya yang tidak terbilang dalam mendapatkan semula Kedah dan meletakkan semula Sultan ke atas takhta. Pada tahun 1841, Tunku Anom menjemput Haji Ishak menjadi salah seorang pembesar baginda merangkap Kadi Besar yang dipertanggungjawabkan dalam hal ehwal berkaitan dengan adat istiadat Melayu, keagamaan dan pentadbiran. Perlantikan itu dibuat setelah melihat kewibawaan Haji Ishak sebagai ulama yang berpengetahuan luas.

Semasa berkhidmat sebagai Kadi, Haji Ishak menjalankan tugas dengan cemerlang. Antara tugas yang dijalankan ialah menyusun tempat perletakan istana, tempat tinggal keluarga raja, tempat pemakaman raja dan menjadi guru raja di samping terus aktif mengajar ilmu-ilmu agama Fiqah dan Tauhid kepada orang ramai.Pada bulan Ogos 1845 semasa Tunku Anom bersama 17 orang pengiring termasuk Sultan Zainal Rasyid, Syed Hussain dan Tunku Muhammad Akib bertolak ke Siam menghantar bunga emas, Haji Ishak memangku jawatan pemerintah selama enam bulan di negeri Kubang Pasu. Ini membuktikan bahawa Haji Ishak adalah orang paling hampir dan dipercayai oleh Tunku Anom dan sering dipertanggungjawabkan mengendali urusan negeri.

Dengan sokongan Tunku Anom, Haji Ishak telah mendirikan sebuah pusat pendidikan pondok di Kampung Pulau Pisang, Mukim Tunjang. Pusat pendidikan pondok di Pulau Pisang telah terkenal di seluruh negara dan memandangkan kemajuan pesat Pulau Pisang sebagai pusat Islam, Tunku Anom bersetuju menjadikannya sebagai pusat pemerintahan. Dengan nasihat Haji Ishak, Tunku Anom kemudiannya mendirikan sebuah istana di Kampung Pulau Pisang.

Semasa mentadbir pondok Pulau Pisang, Haji Ishak mendirikan sebuah masjid sebagai kemudahan tempat beribadat. Masjid itu masih kekal hingga sekarang yang dikenali sebagai 'Masjid Ishaqiah'. Asas-asas pembinaannya masih lagi terdiri daripada perkakas-perkakas lama walaupun beberapa kali telah diubahsuai. Mimbar masjid tersebut yang diperbuat daripada kayu teras remia masih digunakan hingga sekarang. Pembinaan masjid itu dilakukan oleh orang-orang Jawa tetapi rekabentuknya adalah ilham Haji Ishak sendiri. Ini menunjukkan Haji Ishak bukan sahaja seorang ahli agama semata-mata tetapi juga arkitek yang berkemampuan.

Masjid Kampung Pulau Pisang yang dibina di kawasan pondok merupakan salah sebuah masjid yang terindah di negeri Kedah pada waktu itu. Haji Ishak menggunakan masjid itu bukan sahaja sebagai tempat beribadat tetapi juga sebagai tempat menyampaikan ceramah agama. Keindahan masjid tersebut menjadi salah satu daya tarikan kepada orang-orang luar yang datang menuntut ilmu di Pulau Pisang. Jumlah murid yang datang, sentiasa bertambah dari masa ke semasa. Tunku Anom sendiri turut berguru dengan Haji Ishak. Baginda telah memerintahkan Haji Ishak mengarang banyak kitab keagamaan dan risalah-risalah perubatan untuk diwarisi oleh rakyat sebagai bahan rujukan. Tetapi malang sekali kerana semua kitab itu musnah dalam peristiwa kebakaran sebanyak dua kali di Pondok Kampung Pulau Pisang. Kali terakhir pondok itu terbakar ialah pada tahun 1962.

Selepas kemangkatan Tunku Anom pada tahun 1853, Sultan Kedah melantik Tunku Ishak menjadi Raja negeri Kubang Pasu dan Tunku Muhammad Saman menjadi Raja Muda. Semasa Tunku Ishak memerintah dari tahun 1853 hingga 1863, Haji Ishak merupakan orang penting sebagai penasihat raja dalam hal ehwal keagamaan, adat-istiadat Melayu dan pentadbiran.

Namun demikian, keutuhan pusat pendidikan pondok Kampung Pulau Pisang terus bersinar. Ramai pedagang jauh dan dekat yang bertumpu di bandar Pulau Pisang semasa menjadi ibu negeri Kubang Pasu. Sebahagian daripada mereka berguru dengan Haji Ishak. Beliau berusaha secara serius menyebarkan Islam dan berjaya melahirkan ramai tokoh cendekiawan Islam yang berasaskan pengajian pondok. Salah seorang tokoh ulama yang boleh disifatkan sebagai intelektual Islam yang berjaya dilahirkan ialah cucu Haji Ishak sendiri iaitu Haji Muhammad Salleh bin Haji Hashim. Selain itu ialah Tan Sri Dato' Seri Haji Osman bin Aroff, Menteri Besar Kedah yang ke empat yang merupakan salah seorang cicit Haji Ishak, Sheikh Ismail bin Haji Muhammad Salleh iaitu bekas Pengerusi Jawatankuasa Majmak Sheikhul Islam Kedah, Sheikh Ramli bin Haji Muhammad Salleh bekas Pendaftar Sekolah-sekolah Agama Kedah, Dr. Burhanuddin al-Hilmy yakni bekas Pengerusi PAS dan lain-lain lagi.

Haji Ishak bin Muhammad Hashim meninggal dunia pada tahun 1871 kerana sakit tua dan dikebumikan di tanah perkuburan Masjid Kampung Pulau Pisang. Beliau meninggalkan empat orang isteri bersama sepuluh orang anak.