Tuan Haji Muhammad Arif dilahirkan di Kampung Sungai Nonang, Mukim Tebengau, daerah Kota Star pada tahun 1871. Tuan Haji Muhammad Arif mendapat pendidikan agama peringkat awal daripada bapanya Haji Ishak. Ketika berusia tujuh tahun, beliau belajar agama dengan Haji Muhammad Alim di Kampung Sungai Nonang. Tuan Haji Muhammad Arif menunjukkan kebolehan menguasai dengan tepat setiap pelajaran yang diajar.

Pada tahun 1890, beliau ke Mekah untuk mendalami ilmu agama dengan dibiayai segala perbelanjaan oleh Haji Muhammad Alim. Semasa di Mekah, beliau berguru dengan Sheikh Abdul Qadir di Masjidil Haram mengikuti pelajaran Fiqah, Tauhid, Usuluddin, Tasawuf, Hadis, Tafsir dan sebagainya.

Selepas sepuluh tahun menuntut ilmu di Mekah, beliau pulang ke tanahair pada tahun 1900 iaitu ketika beliau berusia 30 tahun. Beliau dikatakan mempunyai beberapa kelebihan yang luarbiasa seperti tidak basah dalam hujan, boleh berjalan atas air dan pakar dalam bidang falak. Pada tahun 1901, beliau telah mengambil alih pusat pendidikan pondok yang diasaskan oleh Haji Muhammad Alim di Sungai Nonang. Manakala Haji Muhammad Alim pula lebih menumpukan perhatian terhadap pusat pendidikan pondok yang dibukanya di Tasek Junjung, Pulau Pinang. Pusat pendidikan di Sungai Nonang itu berkembang dengan pesat dan menjadi masyhur di seluruh Kedah sewaktu ditadbir oleh Haji Muhammad Arif.

Kegiatan mengajar di Sungai Nonang merupakan peranan awal beliau mengembang ajaran Islam selepas pulang dari Mekah. Memandangkan pertambahan jumlah pelajar menggalakkan Tuan Haji Muhammad Arif membina lebih banyak pondok kediaman pelajar, sebuah madrasah dan sebuah masjid di Kampung Sungai Nonang.

Sebagai seorang yang pakar dalam ilmu falak, Tuan Haji Muhammad Arif pakar tentang kaji cuaca. Beliau sentiasa membuat kajian cuaca sebelum ke laut untuk menentukan keadaan tenang dan bebas daripada ancaman ribut taufan. Beliau juga banyak mengajar ilmu mempertahankan diri kepada nelayan-nelayan bagi menghadapi serangan lanun, mengelak kehilangan arah di laut serta mengajar cara-cara untuk memperolehi hasil tangkapan yang banyak. Beliau juga pernah berdebat dengan seorang ahli falak British di Tanah Melayu mengenai tarikh kejadian gerhana bulan dan beliau dapat meneka dengan tepat. Ini menyebabkan beliau amat dipercayai oleh Sultan Abdul Hamid dan dipertanggungjawabkan menentukan tarikh awal Ramadhan dan awal Syawal.

Pada tahun 1914, Tuan Haji Muhammad Arif membawa anak-anak muridnya daripada daerah Kota Star, Yan, Gurun, Sik, Seberang Perai dan Pulau Pinang berhijrah ke Ayer Puteh dekat Pendang. Beliau bertanggungjawab meneroka kampung tersebut dan memberi nama kampung Ayer Puteh. Pusat pendidikan pondok Kampung Ayer Puteh menjadi pusat ilmuan Islam yang penting antara tahun 1914 hingga tahun 1929. Ramai cendekiawan Islam lahir daripada pondok itu seperti Ahli Parlimen Sik, Dr. Abdul Hamid Othman; Haji Ahmad Badawi (bapa kepada Dato' Abdullah Ahmad Badawi); Hj. Fauzi Hj. Mustaffa, guru Pondok Yan Kechil; Hj Azizan Hj Mustaffa, pengasas Sekolah Agama Al Fallah di Kampung Perlis, mukim Kangkong; dan lain-lain lagi. Sultan Abdul Hamid yang memerintah Kedah antara tahun 1881 hingga tahun 1943 juga merupakan salah seorang murid Tuan Haji Muhammad Arif.

Tuan Haji Muhammad Arif adalah seorang yang pemurah dan beliau telah membina sebuah gudang besar di rumahnya untuk menyimpan barang-barang makanan. Sifat itu membuatkan beliau amat dikasihi oleh orang ramai. Walaupun beliau telah lama meninggal dunia, namun jasa dan sumbangannya tetap dikenang. Di atas jasa-jasa beliau, sebuah sekolah telah diberi nama Sekolah Kebangsaan Haji Muhammad Arif di Kampung Ayer Puteh Dalam. Selain itu, masjid yang terdapat di kampung tersebut juga diasaskan oleh beliau.