GERAKAN awal nasionalisme Melayu di Semenanjung sering dikaitkan dengan tindakan rakyat peribumi menentang campurtangan Inggeris dalam sistem politik. Apabila Malayan Union menghilangkan kuasa politik raja-raja di setiap negeri dengan sendirinya ketuanan Melayu di atas Semenanjung ini meruncing dan hilang begitu sahaja. Perlembagaan Malayan Union memberi hak kerakyatan yang samarata kepada semua kaum di Semenajung termasuk kepada kaum-kaum yang tidak pernah menunjukkan taat setia mereka kepada negeri ini. Ini telah mengancam hak istimewa bangsa Melayu dan Semenanjung Tanah Melayu menjadi tanah jajahan British.

Kemarahan orang Melayu meningkat apabila mengetahui taktik Sir Harold MacMichael, utusan khas dari Perdana Menteri British, memaksa Raja-Raja Melayu menurunkan tandatangan menerima gagasan Malayan Union. Almarhum Sultan Badlishah diberi katadua menurunkan tandatangan Baginda atau turun dari takhta.

MacMichael sampai di Alor Star pada 29 November, 1945 dan mengadap Sultan Badlishah di sebelah tengahari. Dalam uniform brigediernya MacMichael menjelaskan bahawa Sultan Badlishah belum lagi diakui Sultan oleh Kerajaan British cuma diakui Bakal Sultan sahaja. Selama Penasihat British berada di Kedah, Sultan tidak berkuasa mutlak dan Kedah yang bebas dan merdeka seperti yang dijangkakan adalah meleset.

MacMichael menekan bahawa Sultan Johor sudahpun menurunkan tandatangan baginda dan jika ada aspek-aspek yang merugikan kedudukan raja-raja tentulah Sultan Johor tidak akan menurunkan tandatangan ke atas perjanjian baru itu. MacMichael terkejut apabila Sultan Badlishah menjawab, "Tidak semestinya Kedah mengikut apa yang dibuat oleh Johor"!

Selama tiga hari dari 30 November hingga 2 Disember 1945 MacMichael berbincang dengan ahli-ahli Majlis Mesyuarat Negeri yang diketuai oleh Tuan Haji Mohammad Sheriff. Akhirnya masing-masing terpaksa beralah kepada MacMichael. Tunku Abdul Rahman meminta supaya Sultan menurunkan tandatangan dengan bantahan di hadapan orang ramai. Tunku Yaakub mencadangkan supaya baginda Sultan menurunkan tandatangan di atas perjanjian itu kerana tidak ada jalan lain. Haji Mohammad Sheriff yang telah menggunakan pelbagai helah dan kepintaran yang ada dalam pengalamannya untuk menolak dan melambat-lambatkan pelaksanaan perjanjian ini telah menurunkan tandatangannya bersama Ahli-ahli Majlis Mesyuarat Negeri yang lain menyetujuinya supaya Sultan Badlishah menurunkan tandatangan baginda.

Sultan Badlishah menandatangani Teriti Malayan Union jam 4.30 petang pada 2.12.1945 di Istana Anak Bukit. Baginda mengambil kesempatan bertitah, "Inilah saat yang paling malang dan getir dalam hayat beta. Beta turunkan tandatangan kerana tidak ada jalan lain". Di tempat lain baginda menyebut bahawa baginda menurunkan tandatangan dengan azam akan berjuang selepas itu. Kalau baginda turun dari takhta, sultan yang menggantikan baginda belum tentu akan bertindak menentang Malayan Union.

Selepas menurunkan tandatangan tersebut Sultan Badlishah mengutuskan protes kepada Setiausaha Tanah Jajahan di London. Baginda telah menulis kepada Perdana Menteri British, kepada Ketua Pembangkang di Parlimen British, kepada Sir Shenton Thomas, Sir Richard Winstedt, Sir Frank Swettenham, Encik L.D. Gammans dan juga kepada akhbar "The Times". Surat-surat Sultan Badlishah tidak pernah diumumkan di Malaysia. Separuh dari drafnya ditemui dalam tahun 1983.

Ayub bin Abdullah dari Kulim, penulis buku "Watan Kita Dengan Orang-Orang Asing", 1936 dulu, telah mengutuskan telegram kepada Setiausaha Kecil Tanah Jajahan membantah gagasan Malayan Union yang disogokkan kepada orang Melayu. Tindakan beliau merupakanbantahan paling awal dikemukakan kepada Whitehall.

Akhbar "Majlis" keluaran 4, 5, dan 6 Januari 1946 memuatkan artikel bersiri ditulis oleh Ayob bin Abdullah yang mendebatkan hak-hak sultan ke atas rakyatnya dan sejauh mana Perjanjian Malayan Union telah mencabuli hak-hak itu.

"SABERKAS" sebagai sebuah badan kebajikan dan koperasi di bawah pimpinan Encik Mohamad Khir bin Awang Jaafar dan Encik Senu Abdul Rahman bertindak pula menghantar telegram kepada Setiausaha Tanah Jajahan, Persatuan Pelajar Melayu di London dan kepada beberapa orang ahli Parlimen British dan juga kepada beberapa orang pegawai tadbir British yang pernah berkhidmat di Tanah Melayu.